Pendaftaran di SMP IT Al Farabi dibuka setiap tahun dengan proses seleksi yang ketat untuk memastikan bahwa siswa yang diterima memiliki kesiapan baik secara akademis maupun spiritual. Proses pendaftaran dimulai dengan pengisian formulir online atau langsung di sekolah, diikuti dengan penyerahan berkas-berkas pendukung seperti rapor, akta kelahiran, dan surat rekomendasi dari sekolah sebelumnya. Setelah itu, calon siswa diharuskan mengikuti serangkaian tes seleksi yang meliputi tes akademis dan tes bacaan Al-Qur’an.
Tes akademis yang diadakan meliputi mata pelajaran seperti matematika, bahasa Indonesia, dan IPA. Selain itu, calon siswa juga diuji kemampuan bacaan Al-Qur’annya untuk memastikan bahwa mereka memiliki dasar-dasar pembelajaran agama yang baik. Setelah tes seleksi, siswa yang lulus akan diumumkan melalui website resmi sekolah, dan orang tua diundang untuk mengikuti sesi wawancara dengan pihak sekolah. Wawancara ini bertujuan untuk mengetahui lebih dalam latar belakang calon siswa serta memastikan bahwa mereka siap untuk mengikuti program pendidikan di SMP IT Al Farabi.
Selain persyaratan akademis, calon siswa juga diharapkan memiliki motivasi yang kuat untuk belajar dan berkembang dalam lingkungan berbasis Islam terpadu. SMP IT Al Farabi mencari siswa yang tidak hanya berprestasi dalam hal akademik, tetapi juga memiliki semangat untuk mendalami ajaran agama Islam. Setelah diterima, siswa akan mengikuti masa orientasi yang memperkenalkan mereka pada lingkungan sekolah, program-program yang ada, serta nilai-nilai dasar yang dianut oleh SMP IT Al Farabi.